Duke Nukem 3D Atomic Edition'da birinci şahıs aksiyonu Macintosh'ta patlıyor ve öfkeli kahraman, 39 seviyeli kesintisiz kargaşa ve katliamda uzaylıları döverek insan ırkını savunuyor. Tabancalar, pompalı tüfekler, el bombaları, makineli tüfekler, mayınlar, toplar, bombalar ve daha fazlasından oluşan ölümcül bir cephanelikle Duke Nukem, LA Meltdown, Lunar Apocalypse, Shrapnel City ve The Birth olmak üzere dört bölümde koşar, yüzer, uçar (jetpack), sürünür ve zıplar. Dört zorluk ayarı, Duke depremler, gökdelenler, kanyonlar, kanalizasyonlar ve daha fazlasıyla karşılaşırken oyuncuların aksiyona girmesine veya en başından itibaren tüm silahlarla saldırmasına olanak tanır. Seviyeler, sağlığı iyileştirmek veya geliştirmek için öğeler (tıbbi kitler, zırh) ve ekipman (jetpack, gece görüş gözlüğü, steroidler, botlar, tüplü teçhizat ve anahtar kartları) ile çok çeşitli düşmanlar ve karakterlerle yoğun bir şekilde doldurulur. Taarruz birlikleri ve kaptanları, domuz polisleri, tanklar, insansız hava araçları, keşif devriyeleri, Octabrain, Protozoid Slimers, uygulayıcılar ve daha fazlası, Dukes'un özel iletişim markasını bekleyen birçok seviyede pusuda. Çok oyunculu DukeMatch, LAN veya İnternet üzerinden sekiz adede kadar yarışmacının yanı sıra iki oyunculu bir modem eşleşmesini barındırır. Sahte Çok Oyunculu seçeneği, solistlerin nihai zorluklar için ayarlanabilir yapay zekaya sahip bir ila yedi bilgisayar kontrollü oyuncuya karşı oynamasına olanak tanır. Duke Nukem 3D Atomic Edition, fare, joystick, gamepad ve klavye kontrollerini destekler.